在笛卡尔看来，灵魂不是由独立的灵魂或能力组成，而是以不同方式表达自己的单一基质：同一个灵魂是感觉、推理和意愿。他区分了灵魂的主动和被动阶段，他称之为灵魂的活动和感受。前者是意志的决定或行动，取决于灵魂本身：我自由地愿意或爱上帝，肯定或否定某个命题，恢复记忆，在我的想象中创造画面，或移动我的身体。后者包括感觉及其模仿、渴望、疼痛、热和其他身体感觉，它们都与外部物体或身体有关。自愿或主动状态完全在灵魂的能力范围内，只能由身体间接改变蒂莉：笛卡尔的情绪心理学和先天观念理论，而被动状态则完全取决于其生理原因，只能由心灵间接改变，除非在某些情况下，心灵本身是被动状态的原因。但是还有其他状态或“感知，我们感觉它的影响就像在灵魂本身内一样”。这些状态有喜怒哀乐等情绪。严格来说情感心理学，它们是激情；它们是灵魂的感知、情感或情感，我们特别将它们归因于灵魂；它们是由动物血液的某些运动引起、支持或加强的。但这些激情的主要作用或功能是激发灵魂或使灵魂倾向于希望这些激情为身体做好准备：恐惧激发逃避的意愿，勇气激发战斗的意愿，等等。这些情欲以刺激松果体的动物血气运动为直接原因，但有时也可由愿意想象的某个对象的灵魂活动引起；因此，我可以通过分析情况来激发我的内心。无所畏惧的情绪。
笛卡尔将所谓的自然欲望与意志的冲突解释为运动之间的对立。身体的运动是由它的精神引起的，而灵魂的运动是由它的意志引起的。这两个动作往往会同时刺激松果体。 每个人都可以根据这些冲突的结果来判断自己灵魂的强弱。但如果控制得当，所有的灵魂都可以获得绝对的力量来控制自己的激情。但是，如果没有真理的知识，灵魂的力量就无法完成这项工作。
笛卡尔列举了六种主要的激情：好奇、爱、欲望、快乐和悲伤。其余的激情都是他们。这些激情都与身体有关，它们的自然用途是激发灵魂的认可或促进有助于保持身体的活动，或者在某种程度上使身体更加完美。从这个意义上说，人们首先使用快乐和悲伤。因为只有产生悲伤和激情的痛苦感受，灵魂才能直接避开有害的事物，进而对痛苦的原因产生憎恨和摆脱痛苦的渴望。
我们的善恶主要取决于灵魂内在并受其启发的内在情感。只要灵魂中有满足灵魂的东西，所有外在的烦恼都无法伤害到它。为了让灵魂获得这种内在的满足，人们所要做的就是严格遵守美德。在这里，笛卡尔的伦理学受到斯多葛学派的影响。斯多葛主义是文艺复兴时期普遍接受的伦理学理论，直到近代仍然流行。
培根已经提出了心理状态的机械理论，而霍布斯则将机械理论作为他整个哲学的基础。笛卡尔试图用机制来解释我们大部分的心理生活，但他并没有用机制来解释我们所有的精神过程。心智本身是一个独特的实体，能够理解和愿意。此外，笛卡尔所说的所有“知觉”——感觉、渴望和情绪——都是心智状态，而不是运动。有些激情纯粹是精神上的，不是由器官的运动引起的。意志独立于身体的状态，可以自行产生这样的心理状态。意志是自由的，灵魂的伦理理想是保护自己不受外界影响。
笛卡尔的目标是获得清晰无歧义的知识。当我们得出结论，一件事不可能是我们想象的以外的任何东西时，我们就获得了关于它的某些知识。我们在数学证明上有这种必要的知识，如果我们遵循正确的方法，我们就会在哲学上有这种知识。确定性作为真理的一个特征，可以被人们清楚明白地把握。某些知识不能产生自我感觉，因为感觉不能向我们展示事物本身，而只能向我们展示它们如何影响我们。色、声、味、香不是物。真正的事物是去除了感官所归属的事物的本质之后的事物。我们只有通过清晰而清晰的思考才能知道真实的事物。如果我们不能从感官经验中获得真正的知识，如果真正的知识是从某些基本概念和原理中推导出来的，那么这些基本概念和原理必然是心智本身固有的——这些概念和原理是先天的或首先是经验的。心灵有它自己的标准或规范，这些标准和规范引导着心灵去追求真理。只有在经验的过程中将心智应用到心智上，知识的原理才会变得明显，但它们从一开始就在某种程度上存在。笛卡尔的基本思想是理性有其自然规范；但他不确定这些规范是如何存在的，在这里他又一次颤抖了。他有时用先天知识来指烙印灵魂的观念或真理，以及灵魂在自身中发现的原则，有时则指灵魂在人类经验过程中产生这种知识的先天能力。洛克对先天观念学说的攻击使整个问题更加清晰，并促使莱布尼茨和康德提出不同形式的理性主义。
笛卡尔的理性主义和先验主义并没有阻止他对经验的充分关注。他没有提出系统的认识论。他的兴趣在于发现真理的方法，而不是详细讨论认识论问题。笛卡尔虽然持有深思熟虑的怀疑论，但在相信理性能够获得某些知识的意义上，他也是一个教条主义者。他是一个现实主义者，承认外部世界的存在，但认为外部世界的真实本质只有通过理性思考才能发现。
